Kehadiran STAI Al-Mujtama Pamekasan pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Al-Mujtama‟ Al-Islami dimana dengan melihat perkembangan santri Al-Mujtama‟ tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Sekolah/Madrasah tingkat Menengah Atas (MA AlMujtama‟, SMK Al-Mujtama‟) yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke STAIN/IAIN/UIN, maka dari hasil kerja panitia yang dibentuk oleh dewan pengurus Yayasan Al-Mujtama‟ Al-Islami, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Al-Mujtama‟ dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin (STIU) Al-Mujtama‟ Pamekasan berdasarkan SK.
Ketua Yayasan Al-Mujtama‟ Al-Islami Nomor: 102/B/AMT/I/2012 dengan Prodi Ilmu al-Qur‟an dan Tafsir (IQT), karena dianggap lebih sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok pesantren di Kabupten Pamekasan khususnya di Pondok Pesantren Al-Mujtama‟ Al-Islami dengan mahasiswa angkatan pertama 78 orang. Sejalan dengan peraturan yang berlaku, STIU Al-Mujtama‟ Pamekasan yang dibuka resmi pada tanggal 03 April 2013 sesuai dengan turunnya SK Dirjen dengan Nomor Dj.779/2013.
Berdasarkan masukan dan permintaan Masyarakat, Restu dari para Masyayiikh Pamekasan dan Sumenep serta memperhatikan minat alumni PP. AlMujtama‟ Al-Islami, maka didirikanlah STIU Al-Mujtama‟ Pamekasan dengan satu Prodi Ilmu al-Qur‟an dan Tafsir, yang dibuka secara resmi pada tanggal 03 April 2013, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama 78 orang. STIU Al-Mujtama sejak didirikan terus melakukan pembenahan setahap demi setahap melalui proses, penataan, dan pembinaan kelembagaan yang terus dilakukan secara intensif, baik dari segi peningkatan mutu, kelengkapan administrasi, fasilitas, sarana dan prasarana, maupun dari peningkatan jumlah tenaga edukatif, ditambah dengan semakin meningkatnya jumlah mahasiswa setiap tahun, akhirnya pihak pengelola STIU Al-Mujtama‟ Pamekasan bersama-sama dengan pihak pengelola Yayasan Al-Mujtama‟ Al-Islami berinisiatif untuk menambah program studi baru dan beralih status dari STIU menjadi STAI dengan pertimbangan laju perkembangan perguruan tinggi dengan tingkat frekuensi persaingan yang tinggi (kompetitif) sekaligus kebutuhan stakeholder dan kebutuhan akan lulusan yang siap bersaing dan mampu menjawab tantangan ke depan. Inisiatif tersebut mendapat sambutan hangat dari masyarakat luas.
Keinginan dan upaya para pendiri Yayasan ini menjadi kenyataan, yaitu dengan diterbitkannya Surat Keputusan Kementerian Agama Nomor: 97 Tahun 2022 yang dalam keputusannya menetapkan perubahan bentuk dari STIU Al Mujtama menjadi STAI Al Mujtama Pamekasan dengan lima program studi, yakni (1) Prodi Ilmu Al Qur‟an dan Tafsir (IQT); (2) Prodi Hukum Keluarga Islam (HKI); (3) Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD); (4) Prodi Hukum Ekonomi Syari‟ah (HES), dan (5) Prodi Tasawuf dan Psikoterapi (TP).